Правовая основа
Федеральный закон №76-ФЗ от 27 мая 1998 г. (с изменениями от 26 февраля 2016г)
"О статусе военнослужащих" (ст. 15)
Постановление Правительства РФ № 909 от 31 декабря 2004 г.  «О порядке выплаты денежной компенсации за наем (поднаем) жилых помещений военнослужащим – гражданам Российской Федерации, проходящим военную службу по контракту, гражданам российской федерации, уволенным с военной службы, и членам их семей»
Приказ Министра Обороны РФ № 235  от 16 июня 2005 г. «О мерах по реализации в вооруженных силах Российской Федерации постановления правительства  Российской Федерации от 31 декабря 2004 г. № 909»
Приказ Министерства Труда и Социальной Защиты Российской Федерации №545н от 10 августа 2015 г. "Об утверждении предельной стоимости найма (поднайма) 1 кв. метра общей площади жилого помещения на 2016 год, применяемой для расчета размера возмещения расходов на наем (поднаем) жилого помещения федеральным государственным гражданским служащим, назначенным в порядке ротации на должность федеральной государственной гражданской службы в федеральный государственный орган, расположенный в другой местности в пределах Российской Федерации"

Согласно закону «О статусе военнослужащих» :
ст.15 п.1: ...Военнослужащим - гражданам, проходящим военную службу по контракту, и совместно проживающим с ними членам их семей предоставляются не позднее трехмесячного срока со дня прибытия на новое место военной службы служебные жилые помещения по нормам и в порядке, которые предусмотрены федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации. Служебные жилые помещения предоставляются в населенных пунктах, в которых располагаются воинские части, а при отсутствии возможности предоставить служебные жилые помещения в указанных населенных пунктах - в других близлежащих населенных пунктах. При этом военнослужащим - гражданам, имеющим трех и более детей, служебные жилые помещения предоставляются во внеочередном порядке...
ст.15 п.3: ...В случае отсутствия указанных жилых помещений воинские части арендуют жилые помещения для обеспечения военнослужащих - граждан и совместно проживающих с ними членов их семей или по желанию военнослужащих - граждан ежемесячно выплачивают им денежную компенсацию за наем (поднаем) жилых помещений в порядке и размерах, которые определяются Правительством Российской Федерации...

Размер компенсации Офицерам, прапорщикам, мичманам
Офицерам, прапорщикам или мичманам размер денежной компенсации будет определяться исходя из фактических расходов, но не выше размеров, рассчитанных с учетом норматива общей площади жилого помещения и предельной стоимости найма (поднайма) 1 кв. м общей площади жилого помещения.
Норматив общей площади жилого помещения для расчета размера денежной компенсации устанавливается в размере:

• 24 кв. метров - для одиноко проживающего военнослужащего ,
  
• 36 кв. метров - на семью из 2 человек,
  
• 43 кв. метров - на семью из 3 человек,
  
• по 12 кв. метров - на каждого члена семьи при численности семьи 4 человека и более.
  

Стоимость 1 кв.м. жилья устанавливается Министерством Труда и Социальной Защиты Российской Федерации для каждого региона отдельно и ежегодно корректируется.

Солдатам, сержантам, матросам, старшинам
Денежная компенсация военнослужащим - гражданам, имеющим воинское звание солдата, сержанта, матроса или старшины, проходящим военную службу по контракту либо уволенным с военной службы, и членам их семей выплачивается в размере, не превышающем:

• в гг. Москве и Санкт-Петербурге - 15000 рублей;
  
• в других городах и районных центрах - 3600 рублей;
  
• в прочих населенных пунктах - 2700 рублей.
  

Указанные размеры денежной компенсации повышаются на 50 процентов при следующих условиях:

• совместно с военнослужащим или гражданином, уволенным с военной службы, указанными в абзаце первом настоящего пункта, проживают 3 и более членов семьи;
  
• семья военнослужащего, проходившего военную службу по контракту в воинском звании солдата, сержанта, матроса или старшины, погибшего (умершего) в период прохождения военной службы, или гражданина, уволенного с военной службы в воинском звании солдата, сержанта, матроса или старшины, состоявшего на учете в качестве нуждающегося в жилых помещениях и погибшего (умершего) после увольнения с военной службы, состоит из 4 и более человек.
  

Важно иметь ввиду -  теперь в Постановлении четко прописано, что компенсация выплачивается по месту прохождения военной службы! Те кто служил в Подмосковье, а снимал в Москве и соответственно получал поднаем за Москву придется привыкать получать компенсацию за Подмосковье, несмотря на что что договор найма оформлен на Москву. Это касается и других регионов.
Денежная компенсация выплачивается со дня заключения договора найма (поднайма) жилого помещения, но не ранее дня включения федеральным органом исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, военнослужащих в списки на предоставление жилых помещений специализированного жилищного фонда.
Как расчитать компенсацию за наём жилья военнослужащим?Допустим вы военнослужащий офицер с семьей из двух человек, снимает жилье в Московской области. По договору найма военнослужащий снимает ее за 25 000 руб.  Значит Министерство обороны в 2015 году компенсирует ему не более:
36 * 482,99 = 17 387,64 руб.
Если же военнослужащий, при тех же условиях, снимает квартиру за 15 000 руб. то компенсируют ему те же 15 000 руб.
Или же сержант снимает квартиру в селе за 7 000 руб.  - компенсация составит 2700 руб. Если при тех же условиях сержант снимает за 2000 компенсируют 2000 руб.